從大曲的制作到成曲的貯存管理，都是一個敞口開放作業(yè)的過程，所以微生物不難進入到大曲生產(chǎn)的全過程。歸納起來，大曲微生物的來源主要有空氣、水、原料、器具和房屋環(huán)境等方面，而且一般規(guī)律為空氣細菌多，原料霉菌多，場地酵母菌多。

　　1．空氣

　　空氣素有微生物的天然運輸者之稱。無論是土壤、水域、動植物之中的微生物，只要被卷入空氣中就會被帶到遠離原地而落入其他諸如制曲場地的地方。所以可以看出，空氣中的微生物在數(shù)量、品種上都較之任何一方多。但由于空氣是流動性的，故而無法固定某種微生物長期在某個地方或空氣中存留，同時又由于空氣中缺乏營養(yǎng)物質(zhì)和足夠的水分，所以微生物在空氣中不會有大量繁殖，特別是光照直射也不利于微生物的發(fā)育。顯然空氣僅作載體將微生物迎來送走，充當(dāng)幫忙角色。

　　由于空氣的流動受季節(jié)的影響，故空氣中的微生物在數(shù)量和種類上也受季節(jié)的影響。如細菌冬天多于夏天，霉菌和酵母菌夏天多于冬天等。正因為有這一現(xiàn)象，才出現(xiàn)了大曲制“伏曲”、南方曲優(yōu)于北方曲等制作的自然現(xiàn)象。

　　2．水

　　微生物在水中的數(shù)量取決于水質(zhì)，因水源不同，其微生物的種類各不相同。天然水中的微生物以桿菌居多；土地水中所含微生物的品種和數(shù)量都較多，但仍以芽孢桿菌為主；地下水道的污水廢物所含微生物以寄生菌和腐生菌為主。微生物之所以能在水中大量存在和生長繁殖，是因為水中有機物可作為其營養(yǎng)。

　　制曲時所使用的是自來水，即飲用水。據(jù)測定，1mL自來水平均含微生物96.3個，其中細菌就有95個，而霉菌只有1.3個。細菌中一般以大腸桿菌居多。由此可知，制曲用水的微生物含量和種類是有限的，在參與制大曲發(fā)酵過程中也以細菌行列加入，其作用是十分明顯的。

　　3．原料

　　大曲所需的原料如大麥、小麥、豌豆、高梁等都是未經(jīng)過任何化學(xué)的、物理的（高溫、高壓）處理而直接進入大曲制作現(xiàn)場的，可見其微生物含量之豐富。以小麥為例，每1g小麥含霉菌7.3 xl03個，酵母菌4.39×l04個，細菌2.85×l05個，其間包括空間網(wǎng)羅一些其他菌種。準(zhǔn)確地說，原料是大曲微生物的主要來源，較之其他環(huán)節(jié)占優(yōu)勢。原料從在土壤中生長成熟，經(jīng)曬去水分，到貯藏、運輸?shù)冗^程，都是在敞開的自然環(huán)境中進行的。原料上的微生物主要在其表面，個別的微生物可以侵入到原料內(nèi)部，因而原料（糧食）上有“外部菌”、“內(nèi)部菌”之分。就霉菌而言，對糧食是有害的，但對大曲發(fā)酵則有些是有益的。原料上霉菌的數(shù)量依次為曲霉、青霉、根霉、毛霉、鐮刀菌等。酵母菌在原料上無多大危害，只有當(dāng)原料霉變時，酵母菌才起進一步的危害作用，但帶人大曲生產(chǎn)卻是有益無害的。

　　4.器具

　　大曲的制作是敞口的，不但原料可以網(wǎng)羅空間微生物，而且用于大曲生產(chǎn)的器具也都可以網(wǎng)羅微生物，器具還另有儲備“殘留”微生物的特點。無論是機制還是人工踩制大曲，其昕用器具或多或少地殘留有曲料，這曲料好比菌種，會帶入下次的制曲操作中，盡管可能帶入下次的菌種是有害的，但都無可奈何地自然重復(fù)地交替作業(yè)。

　　器具微生物中不可忽視的是曲室和有些大曲生產(chǎn)所使用的糠殼、草簾或谷草物品。這兩個環(huán)節(jié)的微生物不但品種數(shù)量多，且是經(jīng)老熟馴化后的“精品”，也即優(yōu)良菌。特別是使用糠殼、谷草物的大曲生產(chǎn)，如控制管理好的話，這些谷草物可以說是微生物菌種的“千年老窖萬年糟”了。因棲息在其上的微生物或孢子不可能在每次更換谷草物中全部地換完，因而在發(fā)酵時將其覆蓋在曲上時，完全起到了菌源無償提供的作用，從而促進發(fā)酵向有益方向進行。

　　很難說明哪個微生物在大曲生產(chǎn)中起到“老大”的作用。實際情況是：發(fā)酵前期即低溫培菌期時，細菌占絕對優(yōu)勢，其次為酵母菌，最后為霉菌。當(dāng)發(fā)酵進入高溫轉(zhuǎn)化期時，細菌大量死亡，霉菌中的耐熱菌種取而代之，又占強大的優(yōu)勢。所以，大曲的發(fā)酵過程是彼此交融的過程，兼容“互生、共生、抗生”的特色。事實上影響微生物生長的因素較多，除溫度外，還有濕度、水分、pH、養(yǎng)料、氧等。因此，一般來講，大曲生產(chǎn)過程中微生物的消長都包括“適應(yīng)期、增殖期（繁殖期）、平衡期、衰老期”的“四期運動”。

　　適應(yīng)期：低溫培菌時微生物富集于曲坯，以逐漸適應(yīng)其培養(yǎng)環(huán)境。由于水分和低溫的因素，使得細胞體積增大，原生質(zhì)均勻，貯藏物消耗，代謝開始，放出熱量，即曲坯開始發(fā)酵。

　　增殖期：微生物代謝繁殖的強盛階段。積累物質(zhì)開始，產(chǎn)生的熱量致使曲坯轉(zhuǎn)入高溫階段。

　　平衡期：微生物耗盡營養(yǎng)，代謝產(chǎn)物積累達到頂點。此時，大曲水分揮發(fā)得太多而迫使微生物無條件生長和代謝。由于微生物不活動，故而大曲品溫（曲坯溫）開始下降，此時微生物細胞的原生質(zhì)內(nèi)開始積累貯備物質(zhì)，絕大多數(shù)微生物在經(jīng)過高溫、耗盡養(yǎng)料后都以孢子的形式保存下來，當(dāng)環(huán)境條件適應(yīng)時重新生長繁殖。

　　衰老期：當(dāng)耗盡養(yǎng)料后的微生物，其死亡的速度或數(shù)量遠比新生的多時，就進入了衰老期。表現(xiàn)為活菌數(shù)少，代謝無力，放不出熱量，曲坯品溫再度降低，大曲進入老熟階段。

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